Фамилия Шукубаева образована по модели, характерной для тюркских народов, но с русским суффиксом принадлежности. Основа — мужское имя Шукубай, которое состоит из двух частей: «шукур» (от арабского «шукр» — благодарность, хвала) и «бай» (в тюркских языках — богатый, хозяин, господин). Имя Шукубай в буквальном переводе означает «благодарный богач» или «хвала богатству», но в быту его чаще давали с пожеланием достатка и благополучия ребенку.

Суффикс -ев (в женском варианте -ева) — это русский патронимический показатель, который присоединили к тюркской основе при оформлении фамилии в документах. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Шукуба́ева. Такая модель типична для фамилий, которые возникли в XIX–XX веках в среде казахов, киргизов, башкир или татар, когда русская администрация фиксировала родовые имена по отцу.

Географически фамилия Шукубаева наиболее распространена в Казахстане и среди казахов России, реже встречается в Киргизии. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были скотоводами или земледельцами, а само имя Шукубай могло быть как личным именем, так и прозвищем главы рода. Поскольку фамилия не дворянская и не княжеская, её носители происходят из сословия простых кочевников или крестьян, которые получили фамилию по имени деда или отца при переписях.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий на -ов, где основа — это имя отца в краткой форме (Иван → Иванов), здесь основа — полное имя Шукубай, без усечения. Это говорит о том, что фамилию фиксировали поздно, когда имя уже воспринималось как готовое родовое прозвище.