Фамилия Шулепко звучит по-южнорусски или по-украински, и её разбор стоит начать с суффикса. Формант -ко (Шулеп-ко) — типичный уменьшительный или патронимический суффикс в украинской, белорусской и южнорусской ономастике. Он указывает на то, что фамилия образована от прозвища или имени Шулеп(а). Ударение в фамилии, скорее всего, падает на первый слог: Шу́лепко, хотя в некоторых говорах возможен и вариант на окончание.

Основа Шулеп- — тёмная и редкая. Самая правдоподобная версия связывает её с диалектным глаголом «шулепить» или «шулепать». В южных и западных русских говорах, а также в украинском языке «шулепать» означает «шлёпать», «хлопать», «плескаться», а иногда — «идти вразвалку» или «ковылять». Прозвище Шулепа могли дать неуклюжему, медлительному человеку или тому, кто громко шлёпал по грязи, ходил, не поднимая ног. Вторая, менее вероятная версия, выводит корень из «шульга» — левша (ср. польское szulga). Но для фамилии Шулепко эта связь фонетически слабая, так как суффикс -еп- нехарактерен для этой основы.

Интересно, что фамилия Шулепко практически не встречается в северных и центральных областях России. Её география — в основном Черноземье, Ростовская область, Краснодарский край и восточные области Украины. Это говорит о том, что фамилия сформировалась и закрепилась в среде казачества или крестьянства южных окраин, где активно бытовала диалектная лексика.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что модель Шулепко — не единственная. Существуют фамилии Шулепов (с русским суффиксом -ов) и Шулепин, а также более редкие Шулепа и Шулепников. Все они восходят к одному прозвищному гнезду, но форма на -ко сохранила более архаичный и диалектный оттенок, характерный для речи, где прозвище ещё не было переделано в стандартное притяжательное прилагательное. Таким образом, предки Шулепко — это люди, которые в XVI–XVII веках получили прозвище по своей походке или манере поведения, и эта кличка закрепилась за их потомками на юге России.