Фамилия Шелепко — характерный пример украинской или белорусской модели фамилий на -ко. Этот суффикс, уменьшительно-ласкательный по происхождению, массово закрепился в фамилиях в XVI–XVII веках, особенно на территории современной Украины. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев или -ин, которые указывали на принадлежность отцу («чей сын?»), фамилии на -ко часто напрямую фиксировали прозвище человека, данное ему по характерному признаку или занятию.

Основа фамилии — слово «шелеп» или «шелепа». В украинских и южнорусских говорах так называли плеть, кнут или хлыст, а также длинную палку, которой сбивали плоды с деревьев. Есть и переносное значение: «шелеп» — рослый, нескладный человек, или, наоборот, вертлявый, бойкий (от глагола «шелепати» — болтать, трепать языком, а также хлестать). Таким образом, первый носитель прозвища Шелеп мог быть либо ремесленником, изготавливающим кнуты, либо пастухом или погонщиком, который ими орудовал, либо просто человеком с соответствующей внешностью или характером.

Интересна параллель с фамилией Шелепов, распространённой в России. Шелепко — её «уменьшительный» аналог, который мог означать «маленький Шелеп» или «сын Шелепа». В белорусском языке фиксируется слово «шалепка» — плётка, что делает возможной и прямую связь фамилии с этим конкретным предметом.

Спорных версий здесь немного. Попытка связать фамилию с тюркскими корнями маловероятна: слово «шелеп» — исконно славянское, звукоподражательное (сравните с «хлестать», «шлёпать»). Географически фамилия Шелепко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины, а также на юге Беларуси, что подтверждает её региональное происхождение. Сословных барьеров у неё не было: прозвище могли дать как казаку, так и крестьянину, а позже фамилию унаследовали и городские сословия.