Фамилия Шулкунова — женская форма, мужской вариант — Шулкунов. Это типичная русская фамилия, образованная с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Шулкуна». В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шулкун.

Корень слова «шулкун» — тюркский. В татарском, башкирском и других тюркских языках «шулкун» означает «буян», «озорник», «шалун», «сорванец». Прозвище могли дать непоседливому, бойкому, склонному к проказам человеку. Есть и другая, менее вероятная версия: в некоторых диалектах «шулкун» — это вид растения или «кнут», «плеть», но первое значение как прозвище человека встречается чаще.

Фамилия Шулкуновы географически привязана к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили рядом русские и тюркские народы. Встречается она в Татарстане, Башкортостане, Ульяновской, Самарской, Оренбургской областях. Это указывает на то, что предок-носитель прозвища, скорее всего, был русским или обрусевшим человеком, жившим в тесном контакте с тюркским населением, от которого и получил такое прозвище.

Модель образования — от прозвища через притяжательное прилагательное — самая массовая для русских фамилий, но тюркская основа выделяет Шулкуновых среди однокоренных. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образуются от имен на -а/-я (например, Шулкунин), вариант с -ов здесь закрепился как стандартный для мужских прозвищ твёрдого склонения.