Фамилия Шупеник — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Её ядро — не имя и не профессия, а топоним, и это сразу сужает круг поиска.

Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ик в восточнославянских фамилиях (украинских, белорусских, южнорусских) часто указывает на выходца из определённого места или на принадлежность к роду по прозвищу. Основа Шупен- почти наверняка восходит к названию села или хутора. Наиболее вероятный кандидат — село Шупики (или Шупеники) в Беларуси, известное на территории бывшего Минского воеводства. В таком случае Шупеник — это «человек из Шупиков», то есть прозвище, закрепившееся за переселенцем. Подобная модель характерна для фамилий, которые возникли в XVI–XVII веках, когда крестьяне при переписи получали фамилию по месту, откуда пришли.

Менее убедительна, но возможна версия от прозвища Шупа или Шупень. В украинских говорах «шупа» — это неуклюжий, нерасторопный человек, либо, по другим данным, тот, кто «шупает» (щупает), то есть любопытный. Однако суффикс -еник (а не -ник) в этом случае выглядит искусственным: от прозвища Шупа естественнее образовалась бы фамилия Шупин или Шупенко. Форма Шупеник с ударением на первый слог (Шу́пеник) встречается чаще, чем на второй (Шупени́к), что тоже говорит в пользу топонимического происхождения — ударение сохранилось от названия села.

Социальный контекст: фамилия почти наверняка крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано. Встречается она преимущественно в западных регионах — в Беларуси (особенно Минская и Гродненская области), на Украине (Житомирщина) и в приграничных районах России (Брянская, Смоленская области). В XIX веке носители фамилии фиксируются в метрических книгах униатских и православных церквей, что указывает на местное, а не пришлое население.

Единственная деталь, которая выделяет эту фамилию среди сотен аналогичных: в некоторых польских источниках встречается написание Szupienik (с мягким «ш»), что может указывать на полонизированную форму. Это не редкость для земель бывшей Речи Посполитой, где фамилии записывали по польской орфографии, а затем русифицировали. Так что если вы встретите вариант Шупеник с буквой «ё» в документах — это, скорее всего, ошибка писаря, а не самостоятельная ветвь.