Фамилия Шупенюк — характерный пример фамилии, созданной по западноукраинской модели с суффиксом -ук/-юк. Этот суффикс указывает на принадлежность, родство или происхождение: Шупенюк — буквально «тот, кто из рода Шупени» или «сын Шупени». Такая модель особенно распространена на Волыни, в Галичине, на Подолье и в Закарпатье, где фамилии на -юк встречаются повсеместно.

Основа фамилии — Шупеня. Это древнее прозвище или личное имя, которое могло образоваться несколькими путями. Самая вероятная версия — от восточнославянского глагола «шупать» (щупать, ощупывать). Шупеней могли прозвать человека, который работал руками: например, ткача, проверявшего качество ткани, или знахаря, лечившего наложением рук. В украинских говорах «шупати» означало также «искать ощупью», поэтому прозвище могло закрепиться за слепым или подслеповатым человеком.

Менее распространённая, но тоже допустимая версия — связь с польским словом «szupień», которое в диалектах означало «сорванец» или «бродяга». Это объяснило бы прозвище для беспокойного или неосёдлого человека. Однако для фамилии Шупенюк, учитывая ареал бытования, версия с «щупать» выглядит убедительнее.

В написании фамилии есть особенность: она начинается с «Шу», а не с «Щу», хотя корень «щуп» в русском и украинском языках обычно пишется через «щ». Это могло произойти из-за местного произношения — в некоторых западноукраинских говорах шипящие звуки смягчались по-своему, или же это фонетическое упрощение, закрепившееся в письменности.

Среди однокоренных фамилий — Шуп, Шупа, Шупенко, Шупик, Шупляк. Все они образованы от того же корня, но с разными суффиксами, что показывает, насколько распространённым было прозвище в разных регионах Украины. Носители фамилии Шупенюк сегодня встречаются преимущественно в западных областях Украины, а также среди потомков переселенцев в России и Беларуси.