Фамилия Шупенёва — женская форма фамилии Шупенёв, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем в основе. Чтобы понять корень, нужно отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ев- (указывающий на «сына» или «внука» Шупеня) и посмотреть на остаток: Шупен-.

Самая вероятная версия связывает фамилию с прозвищем Шупень. В русских говорах, особенно северных и сибирских, словом «шупень» или «шупеня» называли неуклюжего, нерасторопного или вялого человека. В словаре Даля зафиксирован глагол «шупенеть» — становиться дряблым, вянуть, а также существительное «шупень» в значении «квелый, хилый человек». Таким образом, предок носительницы фамилии мог получить прозвище за медлительность или слабость здоровья.

Есть и менее очевидная, но возможная версия: связь с диалектным словом «шупать» (щупать, ощупывать). В этом случае Шупень — прозвище человека, который, например, работал с тканями, проверял их качество на ощупь, или просто имел привычку ко всему прикасаться. Однако эта версия слабее, так как в русских фамилиях суффикс -ень чаще образует уменьшительно-пренебрежительные формы от личных имён или прозвищ, а не от глагольных основ.

Примечательна и географическая привязка. Фамилия Шупенёв (и Шупенёва) не является массовой; её ядро — юг России и Украина. В частности, она встречается в Воронежской, Ростовской областях, а также на Кубани. Это наводит на мысль, что прозвище могло бытовать именно в южнорусских или украинских говорах, где «шупень» могло означать нечто иное, например, «мешок» или «нечто набитое» (сравните с украинским «шуп» — пустой стебель). В этом случае прозвище могло относиться к полному, грузному человеку.

Фамилия образована по классической патронимической модели: от прозвища Шупень через притяжательное прилагательное (чей? — Шупенёв) к фамилии. Суффикс -ёв (под ударением) вместо -ев указывает на твёрдую основу и характерен для фамилий, возникших в среде крестьян и мещанства. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это однозначно фамилия простого сословия, скорее всего, крестьянского или казачьего.