Фамилия Шупенкова — женская форма от Шупенков, а та, в свою очередь, относится к распространённому типу русских фамилий на -ов/-ев. Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Шупенок. Суффикс -енок в древнерусском языке был уменьшительным или указывал на молодое существо, детёныша (сравните: котёнок, телёнок). Позже в фамилиях он закрепился как указание на сына: Шупенок — «маленький Шупа» или «сын Шупы». А вот с корнем «шуп-» сложнее, и тут начинается самое интересное.

Самая вероятная версия ведёт к диалектному глаголу «шупать» — щупать, ощупывать. В псковских и тверских говорах «шупа» — это рука, ладонь, а в переносном смысле так могли прозвать либо человека с неловкими, грубыми руками, либо, наоборот, того, кто всё «прощупывал», был дотошным и любопытным. Менее распространённая гипотеза связывает корень с украинским «шуп» — шест, жердь, и тогда прозвище Шупенок мог получить высокий и худой парень. В пользу первой версии говорит то, что фамилия встречается преимущественно в центральных и северо-западных областях России, где слово «шупать» было в ходу.

Суффикс -енок в фамилиях (как и -онок) характерен для южнорусских и украинских земель, а также для некоторых регионов Белоруссии. Но Шупенковы — фамилия однозначно русская, фиксируемая, например, в переписях Курской и Орловской губерний XIX века. Там же встречаются родственные фамилии: Шупов, Шупин, Шупаков. Интересно, что форма Шупенок (без конечного -ов) до сих пор бытует как прозвище в некоторых сёлах, что подтверждает живую народную основу фамилии. Таким образом, предок носительницы фамилии Шупенкова — человек, которого в округе знали как Шупенка, то есть либо сына Шупы, либо парня с характерной чертой, связанной с «шупаньем» — ощупыванием или осязанием.