Фамилия Шупенёв образована от прозвища Шупень. Оно, предположительно, берёт начало от малороссийского глагола «шупить», то есть «знать, ведать, понимать». Вероятно, именование Шупень отражает особенности характера его обладателя. Так могли назвать понимающего и отзывчивого человека. Не исключено, что так прозвали знахаря или ведуна. Возможно также, что именование Шупень является именем, а не прозвищем. Оно может быть этимологически связано с диалектным существительным «шуп» - «первый осенний плавучий лед». Вероятно, именование Шупень получил ребёнок, родившийся во время паводка. Так и прозвище Шупень закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Шупенёв. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шупень, со временем получил фамилию Шупенёв.