Фамилия Шупилина — женская форма от Шупилин, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ин типична для русских фамилий, образованных от основ, оканчивающихся на -а или -я: она указывает на принадлежность («чей?» — сын Шупилы). В основе лежит прозвище Шупила, которое и определило значение фамилии.

Корень здесь — «шуп-», и он ведёт нас к диалектному глаголу «шупать», то есть «щупать, ощупывать». В северных и сибирских говорах «шупала» или «шупила» — человек, который любит всё трогать руками, проверять на ощупь, либо, в переносном смысле, тот, кто «прощупывает» обстоятельства, недоверчивый и дотошный. В некоторых областях «шупить» означало «шептать, говорить тихо», так что прозвище могло достаться шептуну или ворчливому человеку. Есть и более прозаичная версия: «шупила» — неловкий, неуклюжий работник, который «шупает» дело, а не делает его споро.

С географией у фамилии Шупилин всё довольно определённо. Она редкая и встречается в основном в центральных и северных областях России: в Костромской, Вологодской, Кировской областях, а также в Пермском крае. Это регионы, где сохранились древние говоры и где прозвища на -ила были особенно распространены. В документах XVII–XVIII веков нередки записи крестьян и посадских людей с такой основой — например, в переписных книгах Костромского уезда встречаются Шупилы, Шупилины.

Сословно фамилия Шупилин почти наверняка крестьянская или посадская. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что косвенно подтверждает её «прозвищное» происхождение: знатные фамилии чаще образовывались от крестильных имён или географических названий. В современной России фамилия остаётся малочисленной, и её носители — в основном потомки тех самых северных крестьян, которые получили прозвище за характерную манеру поведения или работы.