Фамилия Шуплинов образована по стандартной русской модели с помощью патронимического суффикса -ов, который отвечает на вопрос «чей?» и означает принадлежность к предку. Основа — Шуплин, а та, в свою очередь, — от прозвища или нецерковного имени Шупля. Ключевой вопрос здесь: что скрывается за этим «Шупл-»?

Самая вероятная версия отсылает к диалектному слову «шуплый» (или «щуплый»). В русских говорах «щуплый» означает худой, тщедушный, слабосильный, невзрачный человек. Переход «щ» в «ш» в фамилиях — явление нередкое для северных и сибирских говоров (сравните: Щукин и Шукин, Щербаков и Шербаков). Таким образом, прозвище Шупля (или Шуплик) мог получить худощавый, субтильный мужчина. Его сын становился Шуплиновым — «сын Шупли».

Менее распространённая, но возможная версия — связь с южнославянскими или западнославянскими корнями. В болгарском и сербском языках есть слово «шупљ» — пустой, полый (например, «шупља глава» — пустая голова, бестолковый человек). Однако для русской фамилии эта версия менее правдоподобна: восточнославянская адаптация такого прозвища скорее дала бы форму Шуплов или Шуплич, а не Шуплинов.

Географически фамилия редкая и не имеет чётко выраженного гнезда. Встречается разрозненно, что типично для прозвищных фамилий, которые не привязаны к одному региону. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Шуплинов — чисто прозвищная, и её носители, скорее всего, происходят от одного или нескольких разрозненных предков-крестьян, получивших уличное прозвище за внешность.

В написании фамилии возможна вариативность: Шуплинов и Шуплинов (с ударением на второй или третий слог). В современных документах чаще фиксируется ударение на последний слог: Шуплино́в. Фамилия не имеет отношения к «шубу» или «шуплику» в значении «мешок» — это народная этимология, не подтверждённая данными.