Фамилия Шупнева — женская форма фамилии Шупнев, и её происхождение, скорее всего, связано с прозвищем или диалектным словом. В основе лежит корень «шуп-», который в русских говорах мог означать «шёпот» или «шепелявить». В некоторых регионах «шупня» или «шупень» называли невнятно говорящего человека, того, кто «шупит» вместо того, чтобы говорить чётко. Отсюда и прозвище Шупень, от которого через притяжательный суффикс -ев образовалась фамилия.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с профессией. В старину существовало слово «шуп» — так в некоторых местах называли щуп, инструмент для проверки сыпучих тел или пробы зерна. Человек, работавший с таким инструментом, мог получить прозвище Шуп или Шупа, а его потомки — Шупневы. Однако эта версия слабее, так как суффикс -н- в середине слова (Шуп-н-ев) чаще указывает на качество или признак, а не на орудие труда.

Фамилия Шупнева — редкая, её географическое распространение невелико. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России, что подтверждает её диалектный характер. В отличие от распространённых фамилий на -ов, здесь мы видим вариант с суффиксом -ев, что типично для основ на мягкий согласный или шипящий: Шупень → Шупнев.

В дореволюционных документах эту фамилию могли записывать по-разному: Шупнев, Шупнева, а в некоторых говорах — Шупнёв, с ударением на последний слог. Такая вариативность типична для фамилий, закрепившихся в устной традиции до массовой паспортизации. Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, была крестьянской или мещанской — дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано.

Таким образом, предки современных Шупневых, вероятно, получили прозвище за особенность речи — невнятность, шёпот или говорливость, что и закрепилось в фамилии, передавшейся по наследству.