Фамилия Шупян — одна из тех, где сразу бросается в глаза суффикс. Окончание -ян указывает на армянское происхождение. В армянской ономастике суффикс -ян (реже -янц) — стандартный патронимический показатель, то есть «принадлежащий роду такого-то». В русском языке такие фамилии часто адаптировались без изменений окончания, поэтому Шупян — это не русифицированный вариант, а прямая передача армянской формы.

Основа Шуп- вызывает больше вопросов. Самый вероятный корень — армянское слово «шуп» (շուպ), которое в диалектах может означать «кисть» (руки) или «горсть». В таком случае прозвище Шуп мог получить человек с крупными или сильными кистями, либо тот, кто работал руками — ремесленник, мастер. Менее распространённая версия связывает основу с тюркским «шуба» (меховая одежда) — но для армянского ареала это заимствование маловероятно, к тому же суффикс -ян нехарактерен для тюркских фамилий.

Есть и другая гипотеза: Шупян может быть вариантом фамилии Шупанян, где корень «шупан» (пастух, от тюркского «чобан»). В армянском языке звук «ч» иногда переходит в «ш», а суффикс -ян добавляется к основе. Тогда предок носителя фамилии был пастухом. Но эта версия менее надёжна, потому что в армянских фамилиях форма «Чопанян» или «Чупанян» встречается чаще, а «Шупян» могла возникнуть при записи на слух русскими чиновниками.

Географически фамилия Шупян встречается в основном среди армян, переселившихся в Россию, а также на территории исторической Армении. В России она нередка в Краснодарском крае, Ростовской области и в Москве — регионах, куда армяне массово мигрировали в XIX–XX веках. Никаких данных о дворянском происхождении или принадлежности к известным родам нет: скорее всего, это фамилия ремесленников или крестьян.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то в армянской среде есть Шупанян, Шупянц (с тем же суффиксом, но в более старой форме), а также Шупянский — вариант, который мог возникнуть при русификации через польский суффикс -ский. Но Шупян — самая лаконичная и распространённая форма.