Фамилия Шупяцкий образована по самой распространённой в Польше модели — с суффиксом -цкий/-ский. Такие фамилии обычно указывали на географическое происхождение: владельца называли по названию местечка, из которого он приехал или которым владел. Основа Шупяц- восходит к названию населённого пункта вроде Шупяце или Шупяцы. В Польше и на западе современной Беларуси есть несколько деревень с похожими названиями (например, Шупице в Малопольском воеводстве, Шупы в Подляском). Скорее всего, предок носителя фамилии был шляхтичем или крестьянином, чья семья получила прозвание по имени усадьбы или села.

Корень шуп- не имеет однозначного славянского объяснения. Он может восходить к польскому szupić (шупить — «сдирать кору, лупить») или к диалектному szupa («хлев, сарай»). В таком случае прозвище Шупа давали либо человеку, который занимался заготовкой лыка или коры, либо тому, кто жил при сарае или сторожил хозяйственные постройки. От этого прозвища через типичную для восточных земель Речи Посполитой модель -цкий и появилась фамилия.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Шупя́цкий, хотя в русской среде возможен перенос на третий (Шупяцки́й) по аналогии с другими фамилиями на -цкий. В дореволюционных документах встречаются варианты написания Шупяцкій, Шупяцкой — последний характерен для южнорусских и украинских говоров.

Фамилия редкая. В современных базах данных она фиксируется преимущественно в Беларуси (Брестская, Гродненская области) и на западе Украины, что подтверждает её польско-литовское происхождение. В России носители Шупяцких встречаются единично, в основном в Сибири и на Дальнем Востоке — это потомки переселенцев конца XIX — начала XX века. Сословная принадлежность предков могла быть разной: от мелкой шляхты до государственных крестьян, поэтому без генеалогического исследования утверждать что-то определённое нельзя.