Фамилия Шепяцкий — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все другие версии происхождения. Это типичная фамилия-«топонимик»: её образовали по модели «название места + суффикс -цк(ий)», которая в польской и западнорусской традиции указывала на дворянское или шляхетское происхождение владельца поместья. Носитель фамилии Шепяцкий, скорее всего, происходил из местечка или села с корнем Шепят- (Шепяты, Шепятичи, Шепятин). Такие названия встречаются на территории исторической Польши, Беларуси и Западной Украины. Суффикс -цкий (польск. -cki) в этой модели означал «владелец» или «уроженец»: Шепяцкий — «тот, кто из Шепят».

Основа Шепят- восходит, скорее всего, к личному имени или прозвищу Шепята, Шепоть. В старых польских и белорусских говорах «шептать» означало «шептать, говорить тихо». Прозвище Шепята могли дать негромкому, скрытному человеку или, наоборот, тому, кто постоянно нашёптывал, сплетничал. Менее вероятна связь с диалектным словом «шепоть» — щепотка, горсть (например, соли или табака), но такая версия тоже существует: прозвище могло относиться к торговцу, отмерявшему товар щепотками, или к человеку с характерным жестом.

С точки зрения словообразования, Шепяцкий — «польская» модель. В русской традиции фамилии на -ский чаще образовывались от названий городов и сел с суффиксами -ск-, -цк-. В польской шляхетской среде фамилии на -цкий были массовыми и указывали на владение землей. Поэтому Шепяцкие, скорее всего, принадлежали к мелкой шляхте или однодворцам (в Российской империи их приравнивали к крестьянам, но они сохраняли сословную память). Если бы фамилия была чисто русской, она звучала бы как Шепятин или Шепятов.

Встречается и вариант написания Шипяцкий — через «и» в первом слоге. Это не ошибка, а отражение местного произношения: в некоторых говорах «е» после шипящих переходило в «и». Оба варианта — однокоренные, и их носители, вероятно, имеют общее происхождение из одного региона.