Фамилия Шупырина образована от прозвища или нецерковного имени Шупыра. На первый взгляд основа кажется тёмной, но она прозрачно раскладывается через диалектную лексику. В русских говорах «шупыра» — это нечто шершавое, топорщащееся, колючее: так могли назвать человека с непослушными, торчащими в разные стороны волосами, либо с неуживчивым, «ершистым» характером. Слово родственно глаголу «шупыриться» — топорщиться, щетиниться, сердиться. Прозвище давали либо по внешней примете, либо по нраву.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шупырина — буквально «дочь или жена Шупыры». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. В мужском варианте фамилия звучала бы как Шупырин. Форма на -а характерна для женской линии и часто встречается в документах, если фамилия фиксировалась от имени матери (вдовы, солдатки) или просто по традиции записи.

Географически фамилия редкая, но встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где диалектное слово «шупыра» было в ходу. В этих краях прозвища, связанные с внешностью или повадками, давали легко и точно. Второй, менее вероятный вариант: основа могла восходить к «шуп» — в некоторых говорах так называли щуплого, худощавого человека. Но тогда форма была бы «Щупин» или «Шупин», а «шупыра» с суффиксом -ыр- — более грубое, экспрессивное образование.

Однокоренные фамилии — Шупырёв, Шупырин, Шупыркин — встречаются ещё реже и, скорее всего, ответвлялись от того же прозвища в разных диалектных вариантах. Сословной привязки у фамилии нет: Шупыриными могли быть и крестьяне, и мещане, и казаки — прозвище не указывало на профессию или социальный статус, а только на индивидуальную черту.