Фамилия Шурдуба — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу наводит на мысль: перед нами не великорусская фамилия в классическом понимании, а скорее украинская, польская или белорусская по модели образования. Окончание -а указывает на то, что фамилия могла быть застывшей формой прозвища или имени в именительном падеже, без дополнительного суффикса принадлежности. Такое часто встречается в западнославянских и южнославянских традициях.

Корень «шурд» в славянских языках не является общеупотребительным, но имеет несколько возможных объяснений. Первая версия связывает его с диалектным словом «шурда» или «шурдить» — в некоторых говорах так называли человека, который шуршит, суетится, делает что-то с шумом, но без толка. Вторая, более правдоподобная версия, отсылает к румынскому или молдавскому влиянию: в этих языках «шурд» (şurd) означает «глухой» или «тугой на ухо». Учитывая, что фамилия встречается в юго-западных регионах бывшей Российской империи, особенно на Буковине и в Подолье, контакт с румынским языком вполне вероятен. Тогда Шурдуба — это человек, которого прозвали Глухарём или Глухим, а окончание -уба могло быть переосмыслено как уменьшительно-пренебрежительное (ср. украинские прозвища на -уба, -юба).

Третья, более экзотическая гипотеза, выводит фамилию из тюркских языков, где «шур» может означать «солёный» или «горький», а «дуба» — «отец» (в переносном смысле — старейшина). Однако эта версия слабая: такое сочетание не встречается в известных тюркских антропонимиконах, и фамилия Шурдуба не фиксируется у народов Поволжья или Кавказа. Скорее всего, перед нами западноукраинская или польская фамилия, образованная от прозвища, которое дали человеку с плохим слухом или с невнятной, «шуршащей» речью. Носители этой фамилии сегодня рассеяны по Украине, Польше и в эмигрантских общинах, но в России она остаётся крайне редкой.