Фамилия Шушалыков — редкая, и её разбор заставляет заглянуть в словари диалектов и тюркских заимствований. В ней нет привычного суффикса -ин или -ский, а основа явно не славянская. Скорее всего, это патроним (фамилия по отцу) с типичным русским суффиксом -ов, приставленным к тюркскому прозвищу.

Корень «шушалык» или «шушал» можно связать с несколькими версиями. Первая: от тюркского слова «шуш» (тихий, смирный) или «шушалык» — так в некоторых тюркских языках называли человека тихого, незаметного, возможно, даже застенчивого. Вторая, более конкретная: в татарском и башкирском языках есть слово «шушалык», означающее «шепелявый» или «сюсюкающий». Прозвище могли дать человеку с особенностью речи. Третья версия — от названия местности: в Башкортостане и Татарстане встречаются топонимы вроде Шушалы, Шушал. В таком случае Шушалыков — выходец из этих мест.

Модель образования проста: прозвище Шушалык (или Шушал) + русский суффиксальный патроним -ов. Значит, предок носителя фамилии — человек по прозвищу Шушалык. Суффикс -ык в тюркских языках часто уменьшительно-ласкательный или указывает на носителя признака, так что прозвище могло звучать необидно: «тихоня», «шепелявенький».

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили татары, башкиры и русские, перенимавшие друг у друга прозвища. Встречается она редко, что говорит либо о локальном бытовании, либо о том, что исходное прозвище не стало массовым. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках найти Шушалыковых можно скорее в Оренбургской, Уфимской или Казанской губерниях.

Версия о происхождении от слова «шуша» (в русских говорах — нечто мелкое, незначительное) менее правдоподобна, хотя полностью исключать её нельзя: диалектное прозвище могло возникнуть независимо. Но тюркский след здесь очевиднее, особенно с учётом суффикса -ык, типичного для татарских и башкирских имён и прозвищ.