Фамилия Шутуков — один из тех случаев, когда прозвище предка стало родовым именем, и прозвище это было связано с поведением, а не с профессией или местом жительства. В основе лежит слово «шут» — человек, который смешит, балагур, скоморох. В древнерусском языке «шут» имело тот же смысл, что и сегодня, но не несло пренебрежительного оттенка: шуты были при княжеских и боярских дворах, их ценили за остроумие и умение разрядить обстановку. Однако прозвище Шут могли дать не только профессиональному скомороху, но и любому весельчаку, любителю прибауток и розыгрышей.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Шутуков, то есть сын или потомок Шутука). Форма «Шутук» — это уменьшительно-ласкательный или просторечный вариант от «шут». Такие усечения с суффиксом -ук/-юк характерны для южнорусских и украинских говоров, где они обозначали молодого, малорослого или просто «малого» носителя признака. Таким образом, Шутук — это «маленький шут» или «сын шута». В русском языке аналогичные модели дали фамилии Козлов, Петров, но с уменьшительной основой — Козулин, Петруков. Фамилия Шутуков, скорее всего, возникла именно в южнорусских или западнорусских землях, где подобные формы были в ходу.

Географически фамилия редкая, не массовая. По данным открытых источников, значительная часть носителей сосредоточена в Белгородской, Воронежской и Ростовской областях, что косвенно подтверждает южнорусское происхождение. Встречаются и единичные случаи в других регионах, но это уже следствие поздних миграций.

В сословном отношении предки Шутуковых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии на -ов у непривилегированных слоев населения закрепились в основном к XVIII–XIX векам, когда крестьян начали массово записывать в ревизские сказки. Прозвище Шут, а затем и Шутук, могло закрепиться за конкретным родом именно в эту эпоху.

Есть и альтернативная версия, но она маловероятна: связь с тюркским словом «шут» в значении «прямой, честный». Для русской ономастики такое заимствование нехарактерно, и фамилия не встречается в регионах с сильным тюркским влиянием (Татарстан, Башкирия). Поэтому основная версия — от русского «шут» — остается единственной обоснованной.