Фамилия Шуйгина — женская форма фамилии Шуйгин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Шуйга. В основе лежит прилагательное «шуйный» — левый. В древнерусском языке «шуйца» означала левую руку, а «шуй» — левый, недобрый, связанный с нечистой силой.

Самый вероятный путь возникновения: Шуйгой на Севере и в Поморье называли левшу. Человек, который всё делал левой рукой, получал прозвище Шуйга, а его дети становились Шуйгиными. Фамилия указывает на конкретную физическую особенность предка, которую окружающие заметили и закрепили в родовом имени. Суффикс -ин принадлежит к патронимической модели «чей?»: Шуйгин — сын Шуйги.

Есть и другая, менее распространённая версия: связь с гидронимом Шуя. В Карелии и Архангельской области реки с названием Шуя (от финно-угорского *šuńe — «талая», «глубокая») встречаются нередко. В этом случае Шуйгин могло означать «живущий на реке Шуе» или «выходец с Шуи». Однако против этой версии говорит суффикс -ин: для обозначения жителя реки Шуи естественнее была бы фамилия Шуйский или Шуев. Форма Шуйгин скорее указывает на личное прозвище, а не на топоним.

Фамилия редкая. Основной ареал бытования — Вологодская, Архангельская области и Республика Карелия. Встречается также в Пермском крае, куда переселенцы с Русского Севера принесли свои прозвища в XVII–XVIII веках. В дореволюционных переписях Шуйгины числились в основном среди государственных крестьян и мещан северных уездов.

Версия о происхождении от слова «шуй» в значении «левый» — основная и подтверждается параллельными фамилиями: Левшин (от левша), Правдин (от правый), Левушин. Фонетически форма Шуйга — это типичное северное слово с суффиксом -га (как Ваньга, Митьга, Кольга), который в диалектах придавал имени оттенок ласкательности или уменьшительности.