Фамилия Шуйкин — один из тех случаев, когда географическое название оказывается проще и прозрачнее, чем кажется на первый взгляд. Основа здесь — река Шуя, а точнее — город Шуя (ныне в Ивановской области). Человек, переехавший оттуда, получал прозвище Шуя, Шуйка или Шуйкин сын, то есть «выходец с Шуи». Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Шуйкин, то есть потомок того самого шуянина.

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда крестьяне и посадские люди, переселяясь в другие земли, получали прозвища по месту прежнего жительства. Шуя — город древний, известный с XIV века, и его жителей называли «шуяне». От этого этнохоронима и пошла фамилия.

Интересная деталь: в русской ономастике существует параллельная фамилия Шуйский — более «княжеская» и аристократическая (князья Шуйские). Шуйкин же — вариант простонародный, демократичный. Если Шуйские вели род от Рюриковичей, то Шуйкины — от обычных горожан или крестьян, которые просто жили в том же городе. Разница в суффиксе как раз и отражает социальный срез: -ский — признак знатного или служилого происхождения, -ин — массовая модель для крестьянских и мещанских фамилий центральной России.

Встречается фамилия в основном в Ивановской, Владимирской, Костромской областях, что логично: вокруг Шуи плотное гнездо однокоренных фамилий (Шуянов, Шуйский, Шуев). Иногда путают с фамилией Шуйкин от слова «шуйца» (левая рука), но эта версия менее вероятна: прозвище Левша давало бы фамилию Шуйцов или Шуев, а не Шуйкин. Так что основной и самый надёжный вариант — топонимический, от города на реке.