Фамилия Шуйков — один из тех случаев, когда внешняя простота обманчива, а корень уходит в конкретную географию. Вопреки интуитивному желанию связать её с глаголом «шутить» или существительным «шутка», основа здесь совсем иная.

Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть Шуйков — это сын или потомок человека по прозвищу Шуйка. А вот откуда взялось само прозвище — тут и начинается главное. Самая вероятная версия — топонимическая. В России есть город Шуя (ныне в Ивановской области) и несколько рек с таким названием. Житель этих мест или выходец оттуда легко получал прозвище Шуяк или Шуйка — по названию места. Со временем прозвище закрепилось за родом и дало фамилию Шуйков. Эта версия подкрепляется тем, что фамилии на -ов от прозвищ, образованных от названий городов, — явление распространённое (Москвин, Тверитин, Ростовцев). Князья Шуйские, правившие в XVI–XVII веках, носили фамилию именно от Шуи, и прозвище Шуйка могло возникнуть в народе как уменьшительное от той же основы, но уже не для княжеского рода, а для простого человека.

Менее вероятная, но возможная версия связывает Шуйку с диалектным словом «шуйца» — левая рука. В старину левшу могли прозвать Шуйкой, и это прозвище также давало фамилию Шуйков. Однако в русской ономастике прозвища от «левой руки» встречаются реже, чем топонимические, и почти всегда имеют более очевидные параллели (Левша, Левшов). Поэтому географическое происхождение выглядит убедительнее.

Фамилия Шуйков — не дворянская, а крестьянская или мещанская. В документах XVIII–XIX веков она встречается в центральных губерниях России, особенно во Владимирской и Костромской, что логично: эти земли граничат с Шуей и её окрестностями. Носитель фамилии, скорее всего, был либо прямым выходцем из Шуйского уезда, либо потомком человека, которого так прозвали за связь с этим краем. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилий «низового» происхождения — их ценность не в знатности, а в точной привязке к месту, откуда пошёл род.