Фамилия Шуйкина — это женская форма фамилии Шуйкин. В русской традиции такие фамилии образовывались от мужских через добавление суффикса -а, указывая на принадлежность женщине (дочери или жене Шуйкина). Мужской вариант, Шуйкин, стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Шуйский, Шуев, Шуин, и все они восходят к одному корню.

Основа фамилии — прозвище или мирское имя Шуйка. В древнерусском языке слово «шуй» означало «левый», «левша». Соответственно, Шуйкой могли называть леворукого человека. Это одно из самых распространённых прозвищ на Руси, основанное на физической особенности, — как, например, Кривой, Шепель или Глазун. Фамилии с таким корнем фиксируются в письменных источниках с XV–XVI веков. Например, в «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминаются Шуйга (левая рука) и Шуйка как прозвище.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с топонимом. В России есть несколько рек с названием Шуя (в Карелии, Ивановской и других областях), а также город Шуя. Житель с берегов такой реки или выходец из города мог получить прозвище Шуйка. Однако для фамилии Шуйкин эта версия слабее: суффикс -ин в русских фамилиях чаще указывает на прямое родство (чей? — Шуйкин сын), а не на географическое происхождение, которое обычно передаётся суффиксом -ский (Шуйский).

Интересная деталь: в русских говорах слово «шуйка» имело и другое значение — так называли особый сорт холста или ткани. Если предок был ткачом или торговал таким полотном, прозвище могло закрепиться за ним по роду занятий. Но эта версия менее распространена, чем «левша».

Таким образом, скорее всего, первый носитель фамилии Шуйкин был человеком с заметной особенностью — леворукостью, и его дети пошли по отцу: «чей?» — «Шуйкин». Фамилия не указывает на дворянское или крестьянское происхождение — она бытовала в самых разных сословиях, от крепостных до купцов, и встречается сегодня в центральных областях России, особенно в Поволжье.