Фамилия Шуйгин — редкий пример, когда географическое название могло превратиться в прозвище, а затем в фамилию, но не напрямую, а через диалектное слово. Самое очевидное, что приходит на ум — связь с городом Шуя. Однако фамилия образована не по модели «Шуйский», а через суффикс -ин, который крепится к основе «Шуйг-». Это говорит о том, что в основе лежало не название города, а прозвище человека, которого так назвали.

Слово «шуйга» в северных и сибирских говорах означало «левша» или «левый» (от древнерусского «шуй» — левый). В ономастике это хорошо известный факт: прозвища по физической особенности (левша, кривой, хромой) давали очень часто. Человека, который всё делал левой рукой, могли прозвать Шуйга. Его сын, внук или работник получали фамилию Шуйгин — «чей-то потомок» или «чей-то человек».

Есть и более прозаичная, но не менее правдоподобная версия, связанная с ремеслом. В тех же говорах «шуйга» могло обозначать неловкого, неуклюжего человека, либо, наоборот, мастера, работающего «не так, как все». Исследователи русских фамилий (в частности, Б. Унбегаун) отмечают, что суффикс -ин в таких случаях указывает на принадлежность к конкретному лицу, а не на местность. Маловероятно, что Шуйгин происходит от топонима «Шуя» с добавлением редкого суффикса -г-: такие модели в русском языке нехарактерны для фамилий.

Таким образом, предок носителя фамилии Шуйгин, скорее всего, жил не в Шуе, а где-то на Русском Севере или в Поволжье и получил прозвище за свою леворукость или особую манеру работы. Фамилия недворянская, крестьянская или посадская, и встречается она нечасто — в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, что косвенно подтверждает диалектную версию происхождения.