Фамилия Сидеева — женская форма, а мужская, Сидеев, образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища или имени с суффиксом -ей и окончанием -ев. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или шипящий. В данном случае корень «Сид-» восходит к глаголу «сидеть» или к имени Сидор.

Самая прямая и правдоподобная версия: прозвище Сидей или Сидень дали человеку, который много сидел, был домоседом, не любил подвижных занятий. В русских говорах «сидень» — это не только тот, кто сидит без дела, но и человек, прикованный к месту болезнью или работой. Второй вариант — происхождение от имени Сидор (разговорная форма Исидор). В бытовой речи имя Сидор нередко сокращали до Сидя, а потом и до Сидей. Суффикс -ей в таких прозвищах — уменьшительно-ласкательный, как в именах Андрей, Матвей, но в случае с фамилией он просто присоединился к основе, образовав новое слово.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «сидей» — так в некоторых регионах называли сидячего, неподвижного человека или даже вид рыболовной снасти. Но эта версия слабее: фамилии от названий орудий труда образуются обычно через суффикс -ник (Сидейник), а не напрямую.

География фамилии Сидеевых широкая, но заметно тяготеет к Поволжью и Уралу. Встречается в старых переписях Симбирской, Казанской и Пермской губерний. Это говорит о том, что фамилия возникла в среде крестьян и посадских людей, а не в дворянской среде — в родословных книгах знати она не значится.

Однокоренные фамилии — Сидоров, Сидякин, Сидельников. Последняя особенно показательна: «сидельник» — это ремесленник, делающий сиденья, или человек, который «сидит» при каком-то деле. Сидеев же, скорее всего, пошёл от бытового прозвища, а не от профессии. Разница в суффиксе (-ев против -ов) подчёркивает: основа была мягкой, то есть исходное слово звучало как «Сидей» или «Сидень», а не «Сидор» или «Сид».