Фамилия Сидуненко образована по типичной для украинской и южнорусской ономастики модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках означал «маленький», «сын такого-то» или «потомок». В основе фамилии лежит личное имя Сидун — прозвище, которое, скорее всего, связано с глаголом «сидеть». В украинских говорах «сидун» — это человек, который много сидит, не любит ходить или работает сидя (например, портной, сапожник). Также так могли называть домоседа или человека медлительного, степенного.

Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит диалектное «сида» (сиденье, место) или даже тюркское заимствование, но ономастический словарь Бориса Унбегана подтверждает, что фамилии на -енко от прозвищ, образованных от глаголов движения или положения, — распространённое явление. Сравните: Ходуненко (от ходить), Стояненко (от стоять), Лежуненко (от лежать). Сидуненко — в том же ряду.

Географически фамилия наиболее характерна для Левобережной Украины, особенно Полтавской и Черниговской губерний, откуда в XIX веке носители могли переселяться на Кубань и в южные регионы России. Встречается и вариант написания Сидюненко, что может быть связано с местными особенностями произношения (смягчение «д»).

Сословной привязки у фамилии нет: Сидуненко могли быть и казаками, и крестьянами, и мещанами. Прозвище Сидун не несёт ни уничижительного, ни возвышенного оттенка — это бытовая характеристика, закрепившаяся в родовом имени. Если ваш предок носил это прозвище, он, скорее всего, занимался спокойным, сидячим ремеслом или просто выделялся привычкой подолгу оставаться на месте.