Фамилия Седуненко звучит на редкость прозрачно: основа «Седун» плюс типичный украинский суффикс -енко, который означает «сын» или «потомок». Перед нами классическая фамилия южнорусского происхождения, распространённая в основном на востоке и юге Украины, а также в приграничных областях России. Человек по прозвищу Седун, скорее всего, был отцом или основателем рода, а его дети стали Седуненками.

Корень «сед-» отсылает к цвету волос. Седуном на Руси называли седого человека, причём не обязательно старика — прозвище могли дать и молодому, кто рано поседел. В украинских говорах слово «сивий» (седой) и «сидіти» (сидеть) звучат близко, но в данном случае первая версия надёжнее: прилагательное «седой» в форме существительного — обычный путь для прозвищ. Менее вероятно, хотя и возможно, что Седун — это человек, который много сидит, домосед. Но в ономастике примеры с «сед-» в значении «сидеть» редки, а фамилии от седины — повсеместны.

Суффикс -енко характерен для Поднепровья и Слобожанщины. Фамилии на -енко массово закрепились в XVI–XVII веках среди казачества и крестьянства. Седуненко мог быть потомком казака или мещанина, которого в реестре записали по отцу. География фамилии сегодня — Черкасская, Полтавская, Харьковская области, а также Краснодарский край и Ростовская область, куда фамилию принесли переселенцы.

В русском языке фамилия сохранила ударение на предпоследний слог — Седуне́нко, хотя в украинской среде возможен вариант Седу́ненко. Иногда её путают с фамилией Седунов, но там модель другая: русский суффикс -ов, а не украинский -енко. Если ваш предок носил фамилию Седуненко, он почти наверняка был выходцем с территории современной центральной или восточной Украины, а его родовое прозвище указывало на внешнюю примету — седину.