Фамилия Сифатов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет суффикса -ов, который образует фамилии от имён и прозвищ (Иванов, Петров), а есть -ов, который прирос к основе, оканчивающейся на -т. Это указывает на то, что фамилия образована от прозвища или имени, которое заканчивалось на «сифат» или «сифа».

Самая вероятная версия — происхождение от арабского или тюркского слова «сифат» (صفة), что означает «качество», «свойство», «признак». В исламской традиции это слово широко используется в теологии для обозначения атрибутов Аллаха. Однако в бытовой среде прозвище Сифат могли дать человеку с яркой, запоминающейся чертой характера или внешности — «качество» в нём было заметно сразу. Такое прозвище могло закрепиться в среде татар, башкир или других тюркоязычных народов, исповедующих ислам. Русская фамилия Сифатов, скорее всего, возникла при русификации татарской или башкирской фамилии Сифатов (с тем же корнем), когда к основе добавили типичный русский патронимический суффикс -ов.

Менее убедительная, но возможная версия — связь с греческим именем Сиф (Сет), которое в русской народной традиции могло получить форму Сифат. В таком случае фамилия означала бы «сын Сифата». Однако эта гипотеза слабая, так как имя Сиф в России было крайне редким, и фамилия от него почти не встречается.

Географически фамилия Сифатов встречается в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. Это подтверждает её тюркские корни. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крещёных татар или башкир, которые в XIX веке получали фамилии по прозвищам предков.

В официальных документах фамилия могла писаться по-разному: Сифатов, Сифатовъ (до реформы орфографии). Вариант с двумя «ф» (Сиффатов) — ошибка, так как корень «сифат» пишется с одной «ф».