Фамилия Сигинур — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской или тюркской расшифровке. Скорее всего, перед нами искусственное или книжное образование, возникшее в среде духовенства. В русской традиции семинаристы нередко получали фамилии, составленные из латинских или греческих корней, причём порой в произвольной комбинации. Первая часть «Сиги-» может восходить к латинскому «signum» — знак, печать, или же к греческому «συγή» — молчание, тишина. Вторая часть «-нур» переводится с арабского как «свет», но в православной среде её могли использовать как элемент, придающий фамилии благозвучность, не вкладывая сакрального смысла. Таким образом, Сигинур могло означать «знак света» или «свет молчания» — метафорическое прозвище, которое дали ученику за тихий нрав или успехи в науках.

Другой, менее вероятный путь — происхождение от финно-угорского имени или прозвища. В марийском языке «сиги» означает «тонкий», «нур» — «луг», «поле». Тогда прозвище Сигинур могло относиться к человеку, жившему на узком лугу, или быть топонимическим — по названию деревни. Однако такая версия не подтверждается известными географическими названиями, а фамилия встречается исключительно редко, в основном в центральных областях России, а не в Поволжье.

Фамилия не имеет типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что дополнительно указывает на её искусственное происхождение. В метрических книгах XIX века носители Сигинур почти не фиксируются — это говорит о том, что фамилия не передавалась по наследству широко, а осталась единичной, возможно, в одной семье выпускников духовной семинарии. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией нет, и её этимология остаётся полем для догадок, а не для точных выводов.