Фамилия Силуяненко — яркий пример восточнославянской модели образования с суффиксом -енко. В украинской и белорусской традиции этот суффикс, по сути, заменял русское -ов/-ев и означал «сын» или «потомок» (сравните: «Силуяненко» — буквально «Силуянов сын»). В основе фамилии лежит крестильное имя Силуян (каноническая церковная форма — Силуан). Имя это восходит к латинскому Silvanus — «лесной», от silva («лес»). В римской мифологии Сильван был богом лесов и полей, покровителем дикой природы. В христианство имя пришло через несколько святых, в том числе апостола от семидесяти Силуана, сподвижника апостола Павла.

Географически фамилия Силуяненко тяготеет к юго-западным регионам — Украине и приграничным областям России. Встречается она нечасто, что объясняется редкостью самого имени Силуян в народном обиходе. На Руси и в Малороссии предпочитали производные формы: Сила, Силантий, Силушка. Поэтому Силуяненко — это фамилия, которая сохранила архаичную, почти книжную основу. В отличие от массовых Иванов или Петров, носитель такой фамилии с высокой вероятностью происходит из семьи, где имя Силуян передавалось по традиции, возможно, в честь деда или местночтимого святого.

Любопытно, что в некоторых говорах имя Силуян могли путать с «силачом» или «сильным» — народная этимология нередко сближала его с русским словом «сила». Однако лингвистически это неверно: корень здесь латинский, а не славянский. Тем не менее, в быту прозвище Силуян могло закрепиться за рослым или крепким человеком, что дало бы вторую, более прозаическую версию происхождения фамилии — от прозвища, а не от имени. Обе версии имеют право на существование, но первая (от крестильного имени) считается основной в ономастике.

Сословно фамилия Силуяненко, скорее всего, принадлежала крестьянам или казакам. Суффикс -енко в XVII–XIX веках был массово распространён именно среди непривилегированных слоёв населения Левобережной и Слободской Украины. Дворянские фамилии с таким суффиксом — редкость. Таким образом, предки современного Силуяненко, вероятно, были свободными или крепостными земледельцами, ремесленниками или казаками, носившими имя или прозвище Силуян.

Написание фамилии устойчивое, с окончанием -енко, без вариантов вроде Силуянов или Силуянский. Это дополнительно указывает на украинское происхождение рода. В дореволюционных метрических книгах могла встречаться форма Силуяненко, реже — Силуянович (под влиянием польской традиции), но в современном виде она закрепилась именно как Силуяненко.