Фамилия Синишен — редкий случай, когда географическое распространение почти наверняка подсказывает происхождение. Она явно не вписывается в привычную модель «Синицын» (от птицы синицы), хотя на слух близка. Ключ к разгадке — неударный суффикс -ен и ударение на втором слоге.

В русском языке фамилии на -ен (Синишен, Борисен, Дементьев) почти всегда украинского или белорусского происхождения. Это усечённая форма от полных отчеств на -енко: Синишенко → Синишен. То есть предка звали Синиша (уменьшительное от Сидор, Силантий или даже от прозвища «синий»), а его сын стал «Синишиным», но со временем фамилия потеряла окончание -ко и закрепилась в форме Синишен.

Вторая, менее вероятная версия — фамилия могла возникнуть от прозвища Синиша (человек с синюшным цветом лица, либо носивший синюю одежду, либо просто «синий» как символ чего-то холодного или недоброго). Но тогда логичнее было бы ждать фамилию Синишин (с суффиксом -ин), а не Синишен. Форма на -ен указывает именно на украинский след.

Географически фамилия встречается в основном на юге России, в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в восточных областях Украины — там, где исторически смешивались русские и украинские говоры. В центральных великорусских губерниях (Московской, Тверской, Ярославской) она практически не фиксируется.

Таким образом, носитель фамилии Синишен с высокой вероятностью происходит из украинской или южнорусской крестьянской среды, а его предка звали уменьшительным именем Синиша. Фамилия не имеет отношения к птице синице — это чисто антропонимическая модель, где корень «сини-» восходит к личному имени или прозвищу, а не к названию животного.