Фамилия Синшин — редкий случай, когда внешне простая форма скрывает неочевидное происхождение. В отличие от большинства русских фамилий на -ин, образованных от основ на -а/-я (Иван → Иванов, но Иванушка → Иванушкин), здесь мы видим иную модель. Суффикс -ин в данном случае присоединён к основе, оканчивающейся на шипящий, что само по себе указывает на древность или диалектный характер прозвища.

Самая вероятная версия связывает фамилию с прозвищем Синша. В русских говорах «синьша» — это не только уменьшительное от «синий», но и конкретное прозвище человека с синюшным цветом лица (возможно, от рождения или болезни) либо того, кто постоянно носил синюю одежду (например, красильщик тканей). Модель образования проста: прозвище Синша → Синшин («чей?» — сын или потомок Синши). Аналогично строились фамилии Гришин (от Гриша), Сашин (от Саша), но с основой на -ш- это встречается реже.

Менее убедительна гипотеза о происхождении от канонического имени Синезий (греч. Synesios), которое в народной речи могло сократиться до Синша. Однако прямых доказательств бытования такой формы в русской антропонимии нет. Версия с японским или китайским корнем (от «син» — новый или сердце) — натяжка, так как фамилия фиксируется в старых русских переписях задолго до активных контактов с Востоком.

Географически Синшины встречаются разрозненно, но заметное число носителей — в Поволжье и на Урале, где синеватый оттенок кожи бытовал как прозвищная черта. Социальный состав предков, скорее всего, крестьянский или мещанский: фамилия не имеет дворянских или духовных суффиксов (-ский, -цкий) и не восходит к иностранной основе. В дореволюционных списках фамилия изредка писалась через «ы» — Сыншин, что может указывать на местное произношение с твёрдым [ы] после шипящего.