Фамилия Сипаченко образована по распространённой в украинской ономастике модели с суффиксом -енко, который изначально означал «сын» или «потомок». В буквальном смысле Сипаченко — это «сын Сипака» или «маленький Сипак». Основа фамилии — прозвище Сипак, которое могло иметь несколько значений.

Самая вероятная версия связывает прозвище Сипак с глаголом «сипать» (сыпать, рассыпать, бросать). В украинских говорах «сипати» означает не только сыпать, но и бить, колотить. Соответственно, Сипаком могли назвать человека суетливого, расторопного, либо того, кто работал с сыпучими материалами — например, мельника или ссыпщика зерна. В южнорусских и украинских диалектах «сипать» также имело значение «говорить быстро, тараторить», так что прозвище могло относиться к говорливому человеку.

Менее распространённая, но возможная версия — от тюркского корня «сип» (ровный, гладкий) или от слова «сипай» (воин, всадник). Однако для украинской фамилии такое происхождение маловероятно без дополнительных исторических свидетельств, и его стоит рассматривать как гипотезу без серьёзного обоснования.

Географически фамилия Сипаченко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине, Сумщине и Черкащине. В России она встречается значительно реже, в основном в приграничных регионах. Суффикс -енко типичен для украинских фамилий XVII–XIX веков, когда они активно формировались из прозвищ и имён.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Сипаченко стоит в одном ряду с Сипаковым, Сипаевым, Сипатовым. При этом Сипаченко — патроним с чёткой украинской окраской, в то время как Сипаков — типично русская форма на -ов. Разница в суффиксе показывает, в какой среде закрепилось прозвище: на юге предпочли модель «сын такого-то», на севере — притяжательное прилагательное.

Сословная принадлежность носителей фамилии не зафиксирована в массовых источниках, но, судя по модели образования, предки Сипаченко были скорее всего крестьянами или казаками. Фамилии на -енко редко встречались среди дворянства, которое предпочитало формы на -ский или -ов.