Фамилия Сипенятов предположительно образована от прозвища Сипенято, которое восходит к глаголу «сипеть» и, очевидно, указывает на сиплый голос предка. Также возможно, что Сипенятом прозвали человека с больным горлом. Так, из письменных источников известен Сипяга Бодеин (начало XV века) из Торжка. Согласно другой версии, фамилия Сипенятов представляет собой застывшую форму имени Сипенято, которое, в свою очередь, является приамурским (ульчским) вариантом имени Семён, которое в переводе с древнееврейского означает «услышанный Богом в молитве». Так и прозвище Сипенято закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Сипенятов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Сипенято, со временем получил фамилию Сипенятов.