Фамилия Сипенятова хранит память о прозвище дальнего предка, и у этого прозвища есть две основные версии происхождения. Первая и самая очевидная связывает его с глаголом «сипеть»: Сипенятой могли назвать человека с сиплым голосом или с больным горлом. Вторая версия уводит в другую сторону — к именнику народов Приамурья, где Сипенято могло быть ульчским вариантом имени Семён, что в переводе с древнееврейского значит «услышанный Богом в молитве». Обе гипотезы имеют право на жизнь, хотя первая, опирающаяся на живую прозвищную традицию, выглядит более естественной для русской почвы.

Прозвища с корнем «сип» на Руси не редкость. Из письменных источников известен, например, Сипяга Бодеин из Торжка, живший в начале XV века. Это говорит о том, что подобные именования по голосу или болезни были привычны и понятны. Форма Сипенято, с характерным суффиксом -ят-, указывает на принадлежность к чему-то или кому-то, часто с оттенком уменьшительности или пренебрежения, как в словах «ребятня» или «котёнок». Впрочем, в прозвищах этот суффикс мог просто подчёркивать индивидуальную черту: «сипящий» — Сипеня.

Фамилия Сипенятова закрепилась за потомками того самого Сипеняты. Модель образования проста: к основе прозвища добавили притяжательный суффикс -ов, что означает «сын Сипеняты» или «из семьи Сипеняты». Со временем форма застыла и стала передаваться по наследству как родовое имя. Так что носитель этой фамилии, независимо от того, какая из версий верна, может видеть в ней отражение либо характерной внешности и голоса предка, либо имени, которое тот носил в дальних краях.