Фамилия Сипеева — женская форма, а мужская, Сипеев, образована по простой и распространённой модели: к основе прозвища или мирского имени Сипей добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Сипе́ев.

Корень здесь — «сип-», который в русских говорах имеет два основных значения. Первое, самое прямое — хриплый, осипший голос. Прозвище Сипей могли дать человеку с характерной хрипотцой. Второе значение — диалектное. В некоторых областях, особенно на севере и в Сибири, «сипой» называли птицу, похожую на чайку, или же мелкую рыбёшку (например, снетка). В таком случае Сипеем могли прозвать рыбака или охотника.

Суффикс -ей в основе встречается реже, чем -ай или -яй, что делает фамилию чуть более редкой по словообразованию. Он мог указывать на прозвище, данное с оттенком ласкательности или, наоборот, иронии: Сипей — это «тот, кто сипит» или «тот, кто ловит сипу».

Учитывая, что фамилия не попала в число самых массовых дворянских или купеческих родов, её носители, скорее всего, происходили из крестьянской или мещанской среды. Географически фамилия встречается в Поволжье и некоторых центральных областях России, что подтверждает её «говорящее» происхождение от бытового прозвища. Никаких документальных свидетельств о связи с конкретным историческим деятелем или знатным родом нет — перед нами типичный случай, когда фамилия родилась из живого народного слова.