Фамилия Сипекина — женская форма фамилии Сипекин, и её корень стоит поискать в прозвищах или диалектных словах. Модель образования проста: основа «Сипек-» плюс типичный русский суффикс принадлежности -ин, который указывает на «сына (или дочь) такого-то человека». То есть Сипекин — это «сын Сипека», а Сипекина — «дочь или жена Сипекина».

Сам корень «сип-» в русских говорах имеет несколько значений. Самое очевидное — от глагола «сипеть», то есть говорить хрипло, с надрывом. Прозвище Сипек могли дать человеку с хриплым голосом или тому, кто постоянно кашлял. Однако есть и другой, менее известный пласт: в некоторых северных и сибирских диалектах «сипка» означала мелкую рыбу, вроде снетка или уклейки, а «сипек» — возможно, того, кто такую рыбу ловил или торговал ею. В этом случае фамилия указывала бы на род занятий предка — рыбака или мелкого торговца.

Спорной версией можно считать связь с тюркскими языками, где «сип» могло означать «острый» или «колющий», но для фамилии, распространённой в центральной России, это маловероятно. Правдоподобнее всего версия с прозвищем по голосу: она проще и подтверждается большим количеством русских фамилий от физических особенностей (Сипкин, Сипачев, Сипягин).

Географически фамилия Сипекина встречается нечасто, но её следы можно найти в Вологодской и Кировской областях — как раз в зоне бытования северных говоров, где слово «сипка» было в ходу. Это косвенно подтверждает и вторую, «рыбную» версию: предки могли быть поморами или жителями речных деревень.

Социальный контекст фамилии типичен для крестьянской среды: прозвище, данное в быту, закрепилось за потомками и перешло в официальную фамилию после отмены крепостного права. Дворянских родов с такой фамилией не известно — это стопроцентно народная, «низовая» ономастика.