Фамилия Сипеев — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с внешностью или характером, а с особенностью речи или звукоизвлечения. Корень здесь — «сип», то есть «сипеть», говорить хрипло, с присвистом. Человек с таким прозвищем, Сипей, мог иметь сиплый голос, картавить или шепелявить. Суффикс -ей в данном случае — это не уменьшительная форма (как в «сынок» — «сыночек»), а скорее разговорное прозвищное окончание, которое встречается в северных и центральных русских говорах: Вертей, Болтай, Сипей. Такие имена часто давали не в крестьянской среде официально, а как уличные клички, которые потом закреплялись в документах.

Модель образования проста: прозвище Сипей плюс типичный русский патронимический суффикс -ев. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), здесь работает правило: если основа оканчивается на -й, то прибавляется -ев, а не -ов. То есть Сипеев буквально означает «сын Сипея». Важно не путать с однокоренными фамилиями вроде Сипкин или Сипягин — там другие суффиксы и, возможно, иные исходные слова (например, «сипяга» — нечто сиплое или даже диалектное название птицы).

География фамилии неширокая. По данным открытых источников, Сипеевы встречаются преимущественно в Поволжье — в Чувашии, Татарстане, Нижегородской области. Это может указывать на то, что прозвище Сипей бытовало в среде местных русских или обрусевших финно-угорских народов, где русские фамилии нередко адаптировали местные прозвища. Вторая, менее вероятная версия: фамилия могла образоваться от тюркского имени или прозвища, созвучного русскому «сипей», но убедительных лингвистических подтверждений этому нет. Правдоподобнее всего — чисто русская основа, связанная с речевым дефектом.

В дореволюционных переписях фамилия не была распространена среди дворянства или духовенства — её носителями, скорее всего, были крестьяне и мещане. Сословных привилегий она не давала, зато сохранила прямую и живую связь с человеческой особенностью: предок-родоначальник явно выделялся голосом, и это запомнили на поколения.