Фамилия Сипетина — женская форма фамилии Сипетин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или личного имени Сипета. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Сипетин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Сипета. Модель типична для северных и центральных регионов России, хотя встречается повсеместно.

Корень «сип-» прямо отсылает к глаголу «сипеть» или прилагательному «сиплый». Прозвище Сипета могли дать человеку с хриплым, осипшим голосом — от болезни, простуды или возрастных изменений. В диалектах слово «сипета» могло означать и «плакса» (тот, кто говорит с надрывом), и «зануда» (монотонно-хриплый говор). В некоторых говорах «сипеть» означало также «сопеть» или «тяжело дышать», что тоже могло стать поводом для прозвища.

Менее вероятна, но возможна связь с географическим названием — например, с речкой Сипеткой или деревней Сипетино. Такие топонимы встречаются в Вологодской и Архангельской областях, но они, скорее всего, сами произошли от того же прозвища.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Сипягин, Сипкин, Сипченко — показывает, что основа «сип-» была продуктивной в прозвищной традиции. Все они, как правило, незнатного происхождения: крестьяне, посадские люди, ремесленники. Сословная принадлежность Сипетиных вряд ли была высокой — суффикс -ин чаще встречается у простых людей, а не у дворянства.

В современной России фамилия Сипетина редкая, нечастотна даже в районах своего возможного происхождения. Это значит, что её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких родственных ветвей, расселившихся в XIX–XX веках.