Фамилия Сипейко — яркий пример восточнославянской фамилии, образованной по модели, характерной для украинской и белорусской ономастики. Суффикс -ейко указывает на уменьшительно-ласкательную или прозвищную форму, которая затем закрепилась как родовое имя. В основе лежит корень «сип-», который отсылает к прозвищу Сипей или Сипко. Такие прозвища на Руси давали людям с хриплым, осипшим голосом или тем, кто говорил сипло, «с сипом». В диалектах слово «сипеть» означало издавать глухой, прерывистый звук, а «сипа» могло быть именем для человека с характерной манерой речи или даже для того, кто имел проблемы с дыханием.

Модель с суффиксом -ейко типична для западнорусских земель: в первую очередь для современной Украины и Беларуси. В польском языке этот суффикс (как -ejko) также распространён, поэтому фамилия могла возникнуть на территории Речи Посполитой. Встречаются варианты написания — Сипейко, реже Сипейка, но основная форма закрепилась с окончанием -о, что характерно для украинских фамилий. По сословному происхождению носители фамилии могли быть как крестьянами, так и мещанами или казаками: прозвищный характер основы не указывает на аристократическое происхождение, а скорее на бытовую среду.

Версия о связи с названием птицы «сип» (гриф, стервятник) маловероятна, так как эта лексема редка в народной речи и не дала большого числа прозвищ. Куда правдоподобнее объяснение через физический недостаток или особенность голоса. В некоторых говорах «сипа» могло означать «пьяница» (от «сипеть» как звука, издаваемого при похмелье), но это уже вторичное значение. В любом случае, фамилия Сипейко — это не географическая привязка и не отчество от крестильного имени, а прямое прозвище, которое дали предку за его голос или манеру говорить. Сейчас фамилия встречается преимущественно в Беларуси, на востоке Украины и в приграничных областях России, что подтверждает её западнорусские корни.