Фамилия Сипейкина — женская форма фамилии Сипейкин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, от которого образована основа. Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Сипейкин — «сын Сипейки» или «человек из семьи Сипейки». В основе лежит прозвище Сипейка.

Само прозвище Сипейка, скорее всего, связано с глаголом «сипеть» — говорить или дышать с хрипом, сипло. В диалектах «сипейка» могло означать человека с хриплым голосом, а также того, кто постоянно кашляет или страдает болезнью горла. Фамилии, образованные от физических особенностей, — распространённое явление в русской ономастике: так появились Губановы, Хромовы, Шепелевы. Сипейкин стоит в том же ряду.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «сип», которое в некоторых говорах обозначало небольшой ковш или черпак. В этом случае прозвище Сипейка мог получить мастер, делавший такую утварь, или человек, который ею пользовался. Однако эта гипотеза слабее: глагольная основа «сипеть» встречается в фамилиях чаще, чем редкое предметное имя.

География фамилии неширокая. Встречается она преимущественно в центральных и поволжских регионах России, особенно в Нижегородской и Владимирской областях. Это указывает на то, что фамилия сформировалась в среде крестьян или посадских людей, а не в дворянских кругах. В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища фиксировались в переписных книгах как личные имена или уличные клички, которые затем закрепились за потомками.

Интересная деталь: фамилия Сипейкин не имеет «дворянских» суффиксов -ский или -цкий, что сразу говорит о её простонародном происхождении. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Сипейкин — чисто прозвищная фамилия, и её носитель в XVI–XVII веках, скорее всего, был крестьянином или ремесленником, выделявшимся хрипотой или особенностью речи.