Фамилия Сиперштейн — яркий пример ашкеназской фамилии, образованной по топонимической модели с конечным элементом -штейн. Эта модель чрезвычайно распространена среди еврейских фамилий Германии, Австрии и Восточной Европы и буквально означает «камень». Вторая часть фамилии — «Сипер» — скорее всего, восходит к названию города Циппен (Zippen) в Силезии (ныне территория Польши) или к местечку Циппендорф. В таком случае Сиперштейн — это «камень из Циппена», то есть указание на человека, который родом оттуда или жил у соответствующего камня-межевого знака.

Существует и альтернативная, менее вероятная версия, связывающая основу «сипер» с идишским словом «зипер» — «ситечко» или «цедилка». Тогда фамилия могла бы быть прозвищем ремесленника, изготавливающего сита, или человека с придирчивым характером («процеживающий»). Однако топонимическое объяснение выглядит убедительнее: в немецкоязычной среде фамилии на -штейн почти всегда привязаны к географическим названиям, а не к ремёслам.

Словообразовательная модель Сиперштейн типична для немецкой ономастики: основа + суффикс-определитель. В еврейских фамилиях этот формант встречается в десятках вариантов: Гольдштейн, Зильберштейн, Розенштейн. Отличие Сиперштейна в том, что его корень не такой прозрачный, как «золото» или «серебро», а сугубо локальный, что делает фамилию более редкой и географически привязанной.

Сословно носители фамилии Сиперштейн в Российской империи относились к мещанскому или купеческому сословию, как и большинство еврейских семей, получивших фамилии в начале XIX века после обязательных переписей населения. Встретить такую фамилию можно в метрических книгах городов Волынской, Подольской и Киевской губерний, куда переселялись выходцы из немецких земель. Сегодня она остаётся малочисленной, но её носители рассеяны по всему миру — от Израиля до США.