Фамилия Сипидина — женская форма, а её мужской вариант — Сипидин. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу и суффикс. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в старину так образовывали фамилии от имён, прозвищ или названий профессий отца. Если основа оканчивалась на -а или -я, добавляли именно -ин. Следовательно, родоначальника этой фамилии звали Сипида.

Корень сип- прозрачен: он связан с глаголом «сипеть» или прилагательным «сиплый». В русских говорах «сипой», «сипун» — человек с хриплым, осипшим голосом. Такое прозвище могли дать тому, кто говорил сипло из-за болезни или природной особенности. В некоторых диалектах «сипой» означало ещё и «гнусавый», что тоже укладывается в эту логику. Фамилия, скорее всего, прозвищная: предок получил её по заметной речевой черте.

Есть и менее очевидная версия: в псковских и тверских говорах «сипига» — это ящерица. Если допустить, что исходная форма была Сипига, а со временем произошло упрощение (переход -г- в -д- под влиянием других фамилий или диалекта), то прозвище могло быть связано с юркостью или внешним сходством. Но эта гипотеза слабее: переход «г» в «д» нетипичен для русского словообразования, и фиксации формы «Сипида» в исторических источниках нет, а «Сипига» встречается редко.

Географически фамилия Сипидина тяготеет к северным и центральным областям России: её носители встречаются в Вологодской, Архангельской, Кировской областях. Это косвенно подтверждает связь с северными говорами, где слово «сиплый» было в ходу. Социально это крестьянская фамилия: в списках мещан или купцов она не значится.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Сипягин, Сипкин, Сипченко — показывает, что все они образованы от одного корня, но разными суффиксами. Сипидина стоит особняком из-за редкого окончания основы -ида, которое встречается нечасто. Возможно, это не прозвище, а вариант от имени Сипа (краткая форма от Силантий или Сильвестр), но тогда фамилия выглядела бы как Сипин или Сипов. Суффикс -ида наводит на мысль, что исходное имя или прозвище было двусложным, а не односложным.