Фамилия Сипирина — женская форма, мужская — Сипирин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Сипиря. Такие имена на -ря (Сипиря, Гуля, Рыжа) в старину были распространены в северных и центральных русских говорах: суффикс -ир- здесь редок, но встречается в прозвищных моделях, например, Ковыря, Ширя. Вероятнее всего, Сипиря — производное от глагола «сипеть» (говорить хрипло, с хрипотой). Прозвище могли дать человеку с сиплым голосом, либо, в переносном смысле, вялому или нерешительному — «сиплый» в диалектах иногда означало «слабый, хилый».

Менее распространённая версия связывает основу с диалектным «сипи́ть» (брызгать, разбрызгивать жидкость, например, при стирке или варке). В этом случае прозвище могло закрепиться за тем, кто работал с водой, — прачкой, рыбачкой или поваром. Однако голосовая версия выглядит правдоподобнее: в русской ономастике фамилии от физических признаков (Сипягин, Сиплый, Хрипунов) встречаются намного чаще, чем от узкопрофессиональных действий.

Фамилия Сипирин фиксируется преимущественно в Поволжье и на Урале — в Пермском крае, Кировской области, Татарстане. Это согласуется с севернорусским типом фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я (Сипир-я → Сипир-ин). В XVII–XVIII веках такие фамилии часто получали крестьяне и посадские люди, и Сипирины не были исключением: в переписных книгах Вятской губернии встречаются записи о крестьянах Сипириных, относившихся к государственным (не помещичьим) крестьянам.

Однокоренных фамилий в русском языке немного. Можно вспомнить Сипягин (от «сипяга» — хриплый человек) и Сипкин (от «сипка» — то же значение). Сипирин стоит особняком за счёт суффикса -ир-, который в русских прозвищах встречается редко, что делает фамилию заметной на фоне более массовых Сипягиных и Сипкиных.