Фамилия Сипилина — женская форма, а её мужской вариант — Сипилин. В русской традиции такие фамилии на -ин обычно указывали на принадлежность: «чей?» — «Сипилин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Сипила. Основа здесь — глагол «сипеть» или существительное «сип» (хриплый звук, осиплость). Прозвище Сипила могли дать человеку с хриплым, сиплым голосом, либо тому, кто говорил с придыханием, сипел. Это типичная модель для русских прозвищ, описывающих внешность, манеру речи или поведения — как, например, фамилии Хрипунов, Гугнявый или Шептунов.

Менее очевидная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «сипи́ла» — так в некоторых говорах называли не только хриплого человека, но и сварливого, ворчливого, «сипящего» от злости. В этом смысле прозвище могло перейти на потомков как указание на характер, а не на голосовые особенности. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна относит подобные образования к разряду «прозвищ по физическим недостаткам», но оговаривает, что граница между физическим и поведенческим признаком часто размыта.

Географически фамилия Сипилин встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской областях. Это не случайно: в северных говорах слово «сип» и его производные сохранялись дольше и имели больше оттенков, чем в литературном языке. Например, в архангельских говорах «сипать» означало не только хрипеть, но и «шипеть», «издавать свистящий звук» — так могли прозвать и пастуха, свистящего на собак, или человека с характерным свистящим шепотом.

Интересно, что фамилия Сипилин стоит в одном ряду с более редкими однокоренными — Сиплин, Сипкин, Сипягин. Все они образованы от той же основы «сип-», но с разными суффиксами, что говорит о независимом возникновении в разных регионах. В отличие от фамилий на -ов (Сипов), форма на -ин чаще встречается на севере и северо-востоке Руси, где притяжательный суффикс -ин был особенно продуктивен.

Сословного барьера у фамилии не было: Сипилины встречались и среди крестьян, и среди мещан, и в среде духовенства (где прозвище могло быть дано семинаристу с хриплым голосом). В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется с конца XVIII века, например, в Вологодской губернии.