Фамилия Сипилкин образована от прозвища Сипилка. В основе лежит глагол «сипеть» — говорить хрипло, с присвистом, издавать глухой звук. Суффикс -к- в прозвище уменьшительный или пренебрежительный: так могли назвать человека с сиплым голосом, болезненным дыханием или того, кто постоянно кашлял. В русских говорах «сиплый» — не только про голос, но и про слабого, хилого человека. Поэтому Сипилка — скорее всего, не обидное прозвище, а бытовая характеристика: «тот, кто сипит».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Сипилкин — «сын Сипилки» или «из семьи Сипилки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и неканонических имён. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще давались по профессиональным занятиям, -ин чаще закреплялся за прозвищами, описывающими внешность или поведение.

Редкость фамилии Сипилкин в том, что она не восходит к широко распространённому ремеслу или имени, а держится на диалектном слове. В документах XVII–XVIII веков можно встретить фамилии Сипягин, Сиплин, Сипкин — они все из того же гнезда «сипеть». Сипилкин выделяется уменьшительным суффиксом, что делает прозвище более бытовым, «домашним». Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, где в говорах слово «сипилка» могло означать не только человека, но и, например, дудочку или свистульку — хотя для прозвища вероятнее первое значение.

Версия о связи с птицей «сип» (хищная птица из семейства ястребиных) маловероятна: в русском языке слово «сип» для обозначения птицы книжное и позднее, а в народной среде птицу называли иначе. Поэтому основная и самая правдоподобная гипотеза — от сиплого голоса или слабого здоровья. Предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими прозвище за характерный признак, который закрепился за родом.