Фамилия Сипуленко — характерный пример украинской модели образования фамилий на -енко. Суффикс -енко, один из самых распространённых в украинской антропонимии, в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок»: Сипуленко — буквально «сын Сипулы». Основа фамилии — прозвище Сипула, которое, скорее всего, связано с глаголом «сипеть» или прилагательным «сиплый». В народной речи так могли называть человека с хриплым, осипшим голосом, либо того, кто говорил невнятно, сипло. Возможно, прозвище закрепилось за певчим, звонарём или просто за человеком с характерной особенностью речи.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным словом «сипуха» (вид совы) или «сип» (название хищной птицы из семейства ястребиных). В таком случае прозвище Сипула могло указывать на внешнее сходство с птицей или на особенности поведения (например, ночной образ жизни, скрытность). Однако голосовая версия выглядит более прямой и логичной для прозвища, которое давали в быту.

Фамилия Сипуленко распространена преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также в южных регионах России, куда она попала с переселенцами в XVIII–XIX веках. В дореволюционных переписях и метрических книгах встречаются варианты написания: Сипуленко, Сипулинко, Сипуленко. Изменение гласных в суффиксе — обычное явление для украинских фамилий, записанных русскими писцами на слух.

Сословно носители фамилии чаще всего относились к казачеству или крестьянству. В реестрах Запорожской Сечи и полковых списках Гетманщины фамилии на -енко встречаются сплошь и рядом, поэтому Сипуленко мог быть казаком, ремесленником или крестьянином, получившим прозвище по голосу. Точных данных о дворянском происхождении фамилии нет — скорее всего, это фамилия простого люда, закрепившаяся в нескольких поколениях.

Написание фамилии с буквой «и» в первом слоге (Сипуленко, а не Сыпуленко) — украинская норма, отражающая произношение. В русском языке ударение обычно падает на второй слог: Сипу́ленко. В украинском варианте ударение может смещаться на последний слог — Сипуленко́, что встречается в некоторых регионах.