Фамилия Сипулина — женская форма от Сипулин, а та, скорее всего, образована от прозвища Сипуля. В основе этого прозвища лежит глагол «сипеть» или прилагательное «сиплый». В русских говорах «сипуля» — человек с хриплым, сиплым голосом. Такое прозвище мог получить либо обладатель характерного тембра голоса, либо тот, кто постоянно простуженно сипел.

Словообразовательная модель здесь простая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Сипулин, то есть сын или потомок Сипулы). Это типичная для русских фамилий патронимическая модель, распространённая в северных и центральных регионах России. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались на юге и востоке, фамилии на -ин характерны для новгородских, псковских и владимирских земель.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с диалектным словом «сип» — в некоторых говорах так называли вид дикой утки (чирка-свистунка). В этом случае прозвище Сипуля мог получить охотник или человек, чем-то напоминавший эту птицу. Однако первая версия — от сиплого голоса — более прозрачна и встречается в русской ономастике чаще.

Фамилия Сипулин (и Сипулина) не относится к числу дворянских или громких исторических. Она из числа тех, что возникли в крестьянской или мещанской среде, когда прозвище закреплялось за целым родом. Встречается она нечасто, преимущественно в центральных областях России и в Поволжье. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они были простыми людьми, получившими фамилию по заметной внешней или речевой особенности.