Фамилия Сипунина — женская форма, а мужская, Сипунин, образована по одной из самых распространённых моделей в русской ономастике: с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Сипунин буквально значит «сын Сипуни» или «человек из рода Сипуни». Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Сипуня.

Корень «сип-» прозрачен и связан с глаголом «сипеть» или прилагательным «сиплый». Прозвище Сипуня могли дать человеку с хриплым, осипшим голосом. В русских говорах «сипуном» называли того, кто говорит сипло, или даже птицу — например, сипуху (вид совы). Однако вряд ли прозвище возникло от названия птицы: сипуха — слово книжное, а в народной речи сову чаще называли «сычом» или «неясытью». Вероятнее, что прозвище отражало физическую особенность: хрипоту, слабые связки или последствия простуды.

Встречается и менее очевидная версия: связь с диалектным словом «сипун» — так в некоторых регионах называли ленивого, медлительного человека или, наоборот, ворчуна. В ономастике такие параллели редки, но полностью исключать их нельзя. Тем не менее, голосовая характеристика остаётся самым прямым и логичным объяснением.

Фамилия Сипунин — нечастотная. В документах XVII–XVIII веков она почти не встречается, что говорит о её позднем закреплении, скорее всего, в крестьянской или мещанской среде. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России: Вологодчина, Костромская земля, Поволжье. В этих местах слово «сипеть» и его производные были в ходу, а прозвища по голосу давали охотно.

Интересная деталь: суффикс -ин в фамилии Сипунин мог указывать не только на отчество, но и на прозвище главы семьи. Если отца звали Сипуня, то дети становились Сипуниными. Форма на -ин типична для фамилий, образованных от слов с окончанием на -а или -я, что и подтверждает прозвищное происхождение. Так что носитель фамилии Сипунин, скорее всего, потомок человека, которого в деревне знали по хрипловатому голосу.