Сипуновы — фамилия, которая прямо указывает на прозвище или занятие предка. В её основе лежит слово «сипун» или «сипунья». В русских говорах «сипуном» называли человека с хриплым, сиплым голосом, а также того, кто говорит невнятно или постоянно жалуется. Значение могло быть и более конкретным: в некоторых областях «сипун» — это вид дикой утки или небольшой птицы с характерным свистящим криком. Прозвище могли дать охотнику, птицелову или просто человеку, чей голос напоминал птичий посвист.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «Сипун» добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Сипунов, то есть сын или потомок Сипуна). Форма множественного числа «Сипуновы» используется для обозначения всего рода или семьи. Эта модель — одна из самых распространённых в России, поэтому фамилия встречается нередко, но без ярко выраженной географической привязки. Наибольшая концентрация носителей традиционно фиксируется в центральных областях России, а также в Поволжье, где оседлое население веками передавало прозвища по наследству.

Интересно, что фамилия Сипунов имеет однокоренные варианты — Сипягин, Сиплин, Сипухин. Все они восходят к тому же корню «сип-» (сипеть, хрипеть). В дореволюционных переписях Сипуновы встречаются и среди крестьян, и среди мещан, что говорит о бытовом, а не сословном происхождении прозвища. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет — это фамилия людей, получивших прозвище от окружающих за особенность речи или поведения.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель с суффиксом -ов и основой от прозвища, обозначающего физический недостаток или особенность, описывается как типичная для XVI–XVII веков. Тогда же имя Сипун могло быть не только прозвищем, но и некалендарным именем — в русской традиции давали «обережные» имена, отражавшие нежелательные качества, чтобы отвести сглаз. Так что предки Сипуновых могли быть людьми с хрипотцой, а могли — просто обладателями «защитного» имени, которое со временем закрепилось за родом.